По умолчанию колёсико мышки в linux используется для второго буфера обмена, но вот многие привыкли нажатием колёсика прокручивать страницы. т.е. нажимаем на колесо и сдвигаем мышку вверх или вниз для прокрутки страниц. Почему то во всех браузерах, по умолчанию, нет прокрутки нажатием колёсика, но это легко исправить.
Firefox
Переходим в Правка > Настройки > Дополнительные > ставим галочку на «Использовать автоматическую прокрутку».
Chrome
Для хрома нам понадобится установить расширение. переходим поссылке и устанавливаем дополнение. Прокрутка работает не по принципу нажал, отпустил, подвигал; а нажал, держишь, двигаешь. Немного не привычно, но сойдёт.
Opera
Переходим в Настройки > Общие настройки > Расширенные > Управление > Настроить среднюю кнопку мыши > Включаем панорамирование
Буфер обмена никуда не денется с клика колёсиком, просто будет ещё автоматически появляться прокрутка. Если честно, я ещё не разу не использовал буфер на колёсике мышке по прямому назначению, а вот прокрутки по нажатию на 3-ю кнопку мыши мне часто не хватало.